| Title | 녹섹(NOGSEC): A NOnparametric method for Genome SEquence Clustering | ||
| Author | 이영복1,2, *· 김판규1,3· 조환규1,3 | ||
| Address | 1부산대학교 전자계산학과 그래픽스응용연구실; 2포항공과대학교 생물학전문연구정보센터; 3부산대학교 컴퓨터 및 정보통신연구소 | ||
| Bibliography | Korean Journal of Microbiology, 39(2),67-75, 2003 | ||
| DOI | |||
| Key Words | function prediction, genome sequence clustering, graph decomposition | ||
| Abstract | 비교유전체학의 주요 주제 중 유전자서열을 분류하고 단백질기능을 예측하는 연구가 있으며, 이를 위해 단백질 구조, 공통 서열 및 바인딩 위치 예측 등의 방법과 함께, 전유전체 서열에서 구해지는 유사도 그래프를 분석해 상 동유전자를 검색하는 계산학적인 접근방법이 있다. 유사도 그래프를 사용한 방법은 서열에 대한 기존 지식에 의 존하지 않는 장점이 있지만 유사도 하한값과 같은 주관적인 임계값이 필요한 단점이 있다. 본 논문에서는 반복적 으로 그래프를 분해하는 이전의 방법을 일반화시켜, 유사도 그래프에 기반한 유전자 서열 군집분석 방법론과 객 관적이고 안정적인 파라미터 임계값 계산 방법을 제안한다. 제시된 방법으로 알려진 미생물 유전체 서열을 분석 하여 이전의 방법인 BAG 알고리즘 결과와 비교했다. | ||
| Download PDF | [1]39(2)0.pdf | ||