| Title | Sphingomonas chungbukensis DJ77의 16S rRNA 염기서열과 이차구조 | ||
| Author | 이관영, 권해룡, 이원호, and 김영창1,* | ||
| Address | 충북대학교 자연과학대학 생명과학부, 1충북대학교 바이오 연구소 | ||
| Bibliography | Korean Journal of Microbiology, 41(2),125-129, 2005 | ||
| DOI | |||
| Key Words | 16S rRNA, secondary structure, Sphingomonas chungbukensis | ||
| Abstract | S. chungbukensis DJ77로부터 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 염기서열은 총 1,502 bp로 2000 년에 등록된 부분 서열(1,435 bp)보다 5'' 방향과 3'' 방향으로 29 bp와 37 bp 길이만큼 각각 확장하였으며, 1 bp가 추가로 삽입되었다. E. coli의 16S rRNA 유전자를 모델로 이차구조를 제작하였으며, 네 부위가 특이적임을 발견하였다. Sphnigomonas spp.의 16S rRNA 서열과 S. chungbukensis DJ77의 다중서열검색 결과, Sphingomonas 종에서만 나타나는 보존부위와 가변부위를 발견할 수 있었다. 특히, Campylobacter jejuni에서만 나타나는 것으로 알려진 긴 stem loop 구조가 서열은 조금 다르지만 구조적 일치를 보이는 유사한 구조를 S. chungbukensis DJ77에서도 발견하였다. 결과적으로, 다중서열검색을 통해 제작한 계통수와 nucleotide signatures 분석에 근거하여 S. chugukensis DJ77을 cluster Ⅱ (Sphingobium)로 분류하였다. | ||
| Download PDF | 41(2)-07(p.125-129).pdf | ||