| Title | DNA 직접추출법에 따른 산림토양 부식층 내 세균군집의 계통학적 다양성 비교 | ||
| Author | 손희성1,2, 한송이1,2, and 황경숙1,2* | ||
| Address | 1목원대학교 미생물생태자원연구소, 2목원대학교 생명산업학부 | ||
| Bibliography | Korean Journal of Microbiology, 43(3),210-216, 2007 | ||
| DOI | |||
| Key Words | DNA extraction, humus forest soil, ISOIL kit, manual method, phylogenetic diversity | ||
| Abstract | 개량된 manual법과 ISOIL kit를 이용하여 산림토양의 부식층 토양시료로부터 추출한 DNA를 대상으로 16S rDNA PCR 증폭산물을 cloning하고 구축된 clone에 대해 ARDRA cluster 분석을 수행한 결과, 개량된 manual법에 의해 구축된 136 clones은 45개 ARDRA cluster로, ISOIL kit를 이용한 경우 총 76 clones은 44개 ARDRA cluster로 분류되었다. 각 clone cluster로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA 염기서열을 결정한 결과, ISOIL kit의 경우 44개 대표 clone은 α-, β-, γ-, δ-Proteobacteria, Acidobacteria 및 Actinobacteria의 3개 phylum 계통군이 확인되었으며, 개량된 manual법에 의한 45개 대표 clone은 α-, β-, γ-, δ-Proteobacteria, Acidobacteria, Bacteroides, Verrucomicrobia, Planctomycetes, 그리고 Gemmatomonadetes의 총 6개 phylum의 다양한 계통군이 검출되었다. 이상의 결과로부터 개량된 manual법에 의해 추출된 DNA를 대상으로 계통학적 군집해석을 수행한 결과가 보다 더 다양한 계통군을 검출 할 수 있음이 밝혀졌다. 한편, ISOIL kit를 이용하여 구축된 총 clone 중 약 40%가 α-proteobacteria 계통군에 속하였으며, 약 30%가 γ-Proteobacteria 계통군에 속하여 우점 계통군으로 확인된 반면, manual법에 의해 구축된 clone의 41%가 Acidobacteria 계통군에 속하였고 α-proteobacteria (28%)가 우점 계통군으로 분포하는 계통학적 특징을 나타내어 DNA 추출법에 따라 토양 세균군집 구조의 계통학적 특성이 상이하게 나타나고 있음을 알 수 있었다. | ||
| Download PDF | 43(3)-09(p.210-216).pdf | ||