| Title | 미생물 유전체 프로젝트 수행을 위한 Base-Calling 오류 감지 프로그램 및 알고리즘 개발 | ||
| Author | 이대상1 and 박기정2* | ||
| Address | 1한국폴리텍 바이오대학 바이오생명정보과, 2(주)스몰소프트 정보기술연구소 | ||
| Bibliography | Korean Journal of Microbiology, 43(4),317-320, 2007 | ||
| DOI | |||
| Key Words | assembly, base-calling error, contig, genome, homology, phrap | ||
| Abstract | 미생물 유전체 프로젝트를 수행하는 과정에서 발생하는 base-calling 오류를 포함하는 것으로 의심되는 유전자나 염기서열의 리스트를 보여 주는 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램의 모듈들은 base-calling 오류로 의심되는 염기들의 후보군을 유전체 프로젝트를 수행하는 주요 단계에서 감지할 수 있도록 하였다. 이들 프로그램들은 초기 단계에서는 Phrap 파일에 존재하는 contig assembly 정보를 이용하여 base-calling 오류를 감지하는 모듈, 중간 단계에서는 상동성 검색 결과물로부터 frame shift 돌연변이의 진위 유무를 분석할 수 있는 모듈, 마지막 단계에서는, 이미 발표된 미생물 유전체와 같은 종으로부터 유래된 균주에 대한 유전체 프로젝트를 수행할 경우, 비교 유전체 분석 기법을 활용하여 base-calling 오류 가능성이 높은 서열의 후보군을 추출하여 해당 서열의 크로마토그램파일을 유전체 연구자가 볼 수 있는 모듈로 구성되어 있다. | ||
| Download PDF | 43(4)_13(p.317-320).pdf | ||