| Title | 핵산증폭용 특정 길이의 Primer 검색 프로그램 | ||
| Author | 조영훈1, 박기정2, and 이대상1* | ||
| Address | 1한국폴리텍 바이오대학 바이오생명정보과, 2(주)스몰소프트 정보기술연구소 | ||
| Bibliography | Korean Journal of Microbiology, 44(2),164-167, 2008 | ||
| DOI | |||
| Key Words | Fosmid, N-mer, PCR, primer, rolling circle amplification, vector | ||
| Abstract | PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)를 가진 primer의 후보 리스트를 vector 서열이나 특정 미생물 염색체 서열에서 검색할 수 있는 프로그램인 RCA-mer를 개발하였다. RCA-mer는 사용자의 염기서열을 입력으로 받아 이 서열을 대상으로 특정 길이의 N-mer에 대한 존재 유무에 대한 리스트의 후보를 웹으로 보여주는 기능을 가지고 있다. 또한 서로 다른 두 개의 염기서열들에 대해 N-mer가 공통으로 존재하는지, 한쪽 서열에만 존재하는지 확인할 수 있는 기능을 가지도록 개발하였다. 사용자는 선발된 primer 후보들로 부터 적절한 N-mer 서열을 선택하여 실제 RCA를 이용한 실험 곧바로 응용할 수 있도록 후보 primer를 선별하여 사용할 수 있도록 하였다. | ||
| Download PDF | HM44(2)_13(p.164-167).pdf | ||