| Title | Nitrosomonadales 목의 핵심유전체(core genome)와 범유전체(pan-genome)의 비교유전체학적 연구 | ||
| Author | 이진환1 and 김경호2* | ||
| Address | 1국립수산과학원 양식관리과, 2부경대학교 미생물학과 | ||
| Bibliography | Korean Journal of Microbiology, 51(4),329-337, 2015 | ||
| DOI | http://dx.doi.org/10.7845/kjm.2015.5061 | ||
| Key Words | Nitrosomonadales, comparative genomics, core genome, pan‐genome | ||
| Abstract | Nitrosomonadales 목에서 속하는 균주 중 현재 유전체 서열 이 알려진 모든 유전체(N=10)를 이용하여 범유전체 및 핵심 유전체 분석을 수행한 결과, 각각 9,808개와 908개 유전자클 러스터를 포함하는 것을 확인하였다. Betaproteobacteria의 다른 목의 참조군들과 비교를 통하여 범유전체와 핵심유전체 의 크기에 유전체의 수와 집단 내의 유전체들의 차이가 영향 을 미치는 것을 확인하였다. Nitrosomonas 속과 Nitrosospira 속의 범유전체는 7,180개와 4,586개, 핵심유전체는 1,092개 와 1,600로로 각각 측정되어 Nitrosospira 속의 동질성이 더 높 은 것을 확인하였다. Nitrosomonadales 목의 범유전체와 핵심 유전체의 크기에 Nitrosomonas 속이 대부분의 영향을 미치는 것을 확인하였다. COG 분석을 통하여 핵심유전체의 크기에 는 J (translation, ribosomal structure and biogenesis) 범주가 가 장 큰 비율(9.7–21.0%)을 차지하며, 유전체 사이의 유전적 거리 가 먼 집단일수록 그 비율이 높아지는 것을 확인하였다. 범유전 체의 크기에는 “–” (unclassified) 범주가 34–51%의 높은 비율을 차지하고 있을 정도로 큰 영향을 미치는 것을 확인하였다. 총 97 개의 유전자 클러스터가 참조군에는 없고 Nitrosomonadales에 만 존재하는 것을 확인하였다. 이들 클러스터들은 Nitrosomonadales을 특징 지우는 유전자들인 ammonia monooxygenase 의 유전자인 amoA와 amoB와 그와 관련 있는 amoE와 amoD 들을 포함하는 반면에 unclassified 유전자들도 상당량(16– 45%)을 포함하고 있다. 이러한 유전자 클러스터는 Nitrosomonadales의 유전적 특이성을 밝히는 데 중요한 역할을 할 것 이다. | ||
| Download PDF | 51(4)_02_p.329-337.pdf | ||